資本金の額がすでに銀行口座にあるのですが使えますか？

使えません。
一度、資本金の額を引き出してから、再度ご入金頂く必要があります。

会社設立をする場合には、各出資者が資本金を発起人の個人口座に振り込む必要があります。

もし、まずは一人で会社を設立するのであれば、発起人である自分のプライベートで使用している銀行口座に出資金を振り込み（又は預入れ）ます。
（会社設立時の資本金の出資方法については『会社設立のよくある質問』をご参照ください。）

例えば、Ａさんが会社設立をしようとして、会社の資本金を100万円と設定した場合で考えてみましょう。

この場合、100万円は発起人であるＡさんの個人口座に振り込むことで進めていきます。

仮に、Ａさんの個人口座に既に100万円以上の残高があったとしても、そのまま使うことはできず、一旦資本金の額以上（100万円以上）の額を引き出してから、再度同じ口座に入金するという作業が必要になります。

「資本金として用意したお金」ということを明確にする必要があるため、このような少し面倒な作業が必要になるわけです。

もちろん、Ａさんがプライベートで銀行口座をいくつか所有しているような場合には、Ｘ銀行からＺ銀行へ資本金の額以上（100万円以上）の金額を振り込むことでも対応できます。

この場合には、Ｚ銀行の通帳の写しを法務局に提出することでＯＫです。

あくまでも「資本金として用意したお金」ということを法務局にアピールできるようにすればいいということです。